レイZERO. Tokyo runtuh setelah gempa bumi besar berturut-turut pada tahun 2014. Akibatnya, pusat kota baru dibangun di lokasi bekas Nishitokyo. Sementara itu, Shinjuku dan kawasan Minato yang terendam berpindah ke area kumuh. Lebih lanjut, karena Undang-undang Imigrasi tahun 2040, daerah kumuh ini menjadi tempat masuknya pengungsi, mafioso, dan teroris, dan sekarang menjadi ibu kota kejahatan terkemuka di dunia.Sekarang tahun 2049, dan ini adalah tahap di mana dua wanita memulai operasi untuk menangkap pengedar narkoba berbahaya.
